בעיני רבים מצטיירים איי גלפגוס כשמורת טבע פסטורלית, בה מסתובבים בעלי חיים ללא הפרעה והתיירים זוכים לביקור באתר ראשוני ובתולי. לרוע המזל, התמונה האמיתית רחוקה מכך מאוד.
למרות הכרזתם של כל האיים כפארק הלאומי הראשון באקוודור, כבר ב- 1936, סובלים האיים מבעיות קשות של שמירת טבע ואיכות סביבה. למרות החוקים הנוקשים, וההקפדה היתרה על אכיפתם, הולכים בעלי החיים ונעלמים בקצב מדאיג. למרות פעילותם של גופי שמירת טבע רבים, מקומיים ובין לאומיים, עדיין מתבצע במקום דייג לא חוקי של כרישים, אריות ים ובעלי חיים רבים אחרים. המערכת האקולוגית הופרה לפני שנים רבות, וכמו במקומות רבים בעולם, גם פה עסוקים החוקרים בניסיון להציל את מה שנשאר.
הסיבות לבעיות קשות אלה מגוונות. אמנה כאן את העיקריות שבהן:
• במשך מאות שנים, מאז גילוי האיים ב- 1535 ע"י בישוף פנמה, האב תומס דה ברלנגה, עגנו לחופם ספינות רבות. היו אלה בעיקר ציידי לוויתנים ושודדי ים, ששמחו למצוא באיים מפלט מהחוק, ויותר מזה שמחו לגלות שם אספקה שוטפת של מי שתייה ומזון. מעריכים כי אוכלוסיית הצבים באיים איבדה כ– 90% מגודלה עקב איסוף מאות אלפי פרטים והעלאתם לספינות, כדי שישמשו מאוחר יותר מזון למלחים.
• זיהום ים מתמשך מפליטת דלקים, שמנים ופסולת אחרת מעשרות כלי שייט, ואסונות אקולוגיים בהיקף גדול, כפי שאירע בינואר 2001, עם עליית מיכלית הנפט Jessica על שרטון בסמוך לחוף האי סאן קריסטובל, וזיהום הים בכ- 600,000 ליטרים של נפט.
• נוכחות התיירים באי משפיעה בהחלט על אוכלוסיות בעלי החיים, ולפיכך הוגדרו איים שהעלייה לחופם אסורה, וכמו כן הוגדרו מכסות המגבילות את מספר התיירים המורשים להגיע לאיים בכל שנה. לרוע המזל, ממשלת אקוודור הגדילה את המכסות הללו כמה פעמים, בעשרות אחוזים בכל פעם, שהרי ההון הזר הנכנס לקופת המדינה מפתה ביותר!
• מספר תושבי הקבע באיים עולה באופן רציף, כתוצר ישיר של הביקוש התיירותי. מובן שלכך השפעה סביבתית ישירה על המשאבים המקומיים: שטחי מגורים, שטחי מסחר, זיהום אוויר, זיהום קרקע, זיהום מים, תאורה, ועוד. כיום חיים באיים למעלה מ- 30,000 איש, ורובם הגדול מתפרנס באופן ישיר או עקיף ממקצועות שונים הקשורים לתיירות.
• מינים פולשים רבים הוחדרו לאיים במהלך ההתיישבות האנושית, חלקם במכוון, כמו חיות משק וחיות בית, וחלקן ללא משים, כמו חולדות ונחשים. השפעתם של מינים אלה על חיות הבר הרסנית ביותר: חיות המשק הצמחוניות מתחרות באוכלי העשב המקומיים – הזוחלים (שהרי אין בטבע יונקים אוכלי עשב), וידן על העליונה. חיות בית כמו כלבים וחתולים טורפות חיות בר רבות, בעיקר ציפורים, שחלקן לא מעופפות, ואיגואנות צעירות. ראוי לציין שגם ציפורים מעופפות, המסוגלות לברוח מכלב הרודף אחריהן, לא מכירות בסכנה מכיוון שאינם מכירות בבעלי חיים אלה כטורפים.
חולדות ומכרסמים אחרים שהגיעו לאיים כנוסעים סמויים על האוניות, גורמים נזק בל ישוער בטבע: הם ניזונים מחרקים, מביצים ומגוזלי ציפורים, ומכיוון שאין גורם טבעי שיווסת את מספרם, הם מתרבים במימדים חסרי פרופורציה, והשפעתם רק גוברת עוד ועוד.
מאמצים רבים מושקעים ע"י גופי שמירת טבע בין לאומיים וע"י מכוני מחקר מקומיים, ובראשם תחנת המחקר ע"ש צ'ארלס דארווין (CDRS), הממוקמת באי סנטה קרוז. מיותר לציין שהרבה יותר קל להרוס ולהכחיד, מאשר להשיב לטבע את שהיה לו בראשיתו. החוקרים מגדלים פרטים מכמה מינים הנמצאים בסכנת הכחדה (חלק ממיני הצבים, איגואנות היבשה ועוד) על מנת להשיבם אל הטבע ולאושש את האוכלוסיות המדולדלות.
מתוך 14 מיני צבי היבשה הענקיים (צבים פיליים) שרשם דארווין ביומנו, ארבעה נכחדו ואינם עוד. כך הדבר גם לגבי בעלי חיים נוספים, ולנו נותר רק לקוות שנשכיל לשמר את שנותר, למען האיזון הטבעי השביר כל כך.