צ'ה, כפי שנקרא ארנסטו לימים, היה ילד פרוע ופעלתן, שבדק את הגבולות ללא הרף. הוא היה "תולעת ספרים", ספורטאי מצטיין, ולבושו והתנהגותו זיכו אותו בכינויים כמו "הזועם" או "משוגע". בנערותו היה רומנטיקן מהורהר, אוהב שירה, יפה תואר וחובב נשים מושבע. משסיים את לימודיו בביה"ס התיכון, עברה משפחת גווארה לבירה בואנוס איירס, וזאת לאחר שהעתיקו את מקום מגוריהם פעמיים קודם לכן, בשל מחלתו. באחת החופשות מלימודי הרפואה יצא לטיול כשהוא רכוב על טוסטוס, וגמא כ- 4,000 ק"מ בצפון מזרח ארגנטינה. כשנתיים אח"כ יצא עם חברו לילדות אלברטו גאנאדו למסע ארוך ברחבי היבשת כולה. רכובים על אופנוע, עברו שני הצעירים חוויות רבות ומפגשים מרתקים, שעיצבו את משנתו החברתית של צ'ה, שבחר בדרך המהפכה עקב העוני הרב בו נתקל. 
צ'ה המשיך לשוטט ברחבי היבשת גם לאחר שסיים את לימודיו בהצטיינות, ובשנת 1953, לאחר שהיה פעיל בארגנטינה בחוגי מחתרת נגד פרון, עבר לבוליביה, שהייתה בשנת המהפכה הראשונה שלה. משם עבר לפרו, ובסוף אותה שנה הגיע לגואטמלה, שהייתה תחת שלטון חַ'קובו אַרְבָנז גוסמן. כחצי שנה אח"כ הופל שלטונו של גוסמן, שהנהיג רפורמות חברתיות וחקלאיות שפגעו באינטרסים האמריקאים, בהפיכה צבאית ע"י ארמאס. ההפיכה נתמכה בשכירי חרב ובאנשי ה- C.I.A האמריקאי, וחיזקה אצל צ'ה את ההכרה בכך שהדרך לסוציאליזם כרוכה במאבק של חיים ומוות עם המעצמה הקפיטליסטית. עקב האכזבה מההתרחשויות, עבר צ'ה למקסיקו, ושם, לאחר שהספיק להתחתן עם פרואנית, להוליד בת (מאו) ולהתגרש, פגש באנשי תנועת ה- "26 ביולי". פגישה זו חיברה אותו למשך שנים ארוכות בקשר עבות להיסטוריה של העם הקובני, ולאחת המהפכות החשובות של המאה ה- 20. 
אנשי הקבוצה, שמקור שמה במועד ניסיון הנפל להשתלטות על קובה של פולחנסיו בטיסטה (ב- 1953), עסקו אז בהכנות לניסיון נוסף, וצירפו את ארנסטו כרופא, לקבוצה שמנתה 82 לוחמים. על סיפונה של Granma, יאכטה המיועדת ל- 25 איש, הגיעו בדצמבר 1956 לחופי קובה, אך נתקלו במארב של צבא בטיסטה. רבים נהרגו, נפצעו ונלקחו בשבי, ורק 14 הצליחו לברוח להרי ה- Sierra Maestra, בהם פידל קסטרו, ראול אחיו (נשיא קובה כיום) וכמובן – מיודענו צ'ה. לאחר שהתאוששו, החלו לאסוף סביבם כפריים שתמכו במטרתם – הפלת משטרו הרודני של בטיסטה. צ'ה, שהתבלט כמנהיג וכלוחם מעולה, היה מן המשכילים שבחבורה, וקיבל את האחריות להדרכת הלוחמים, שפעלו באופן מחתרתי. צ'ה נהג לקרוא בפני הלוחמים יצירות מובחרות משל סרוונטס הספרדי, פ. נרודה הצ'יליאני, ר. גלאגוס מוונצואלה וכמובן מרטין פיירו הארגנטיני. 
בחודש יולי 1957 התמנה צ'ה ל- Comandante, והיה למפקד גדוד המורדים השני. הוא נודע כמפקד קשוח, שהקפיד הקפדה יתירה על משמעת, אך עם זאת היה נערץ על פקודיו. 
בתקופה זו פיתח צ'ה תיאוריות מהפכניות שונות וכתב את ספרו "מלחמת גרילה", שמטרתו המוצהרת הייתה הפצת המהפכה במדינות אמריקה הלטינית, ויצירת מדריך עיוני ושימושי לתנועות מחתרת הלוחמות לשינוי המשטר המדיני והחברתי. צ'ה טען כי גם כוח עממי קטן (גרעין, Foco) הפועל באזורים הכפריים יכול לנצח במלחמה נגד צבא סדיר, וכי "מוקד מהפכני" יכול ליצור את התנאים ההכרחיים לפרוץ המהפכה, ולפיכך אין צורך להמתין עד שיתקיימו. צ'ה, שגרס כי האזורים הכפריים הינם זירת המערכה הבסיסית למאבק המזוין, ציין כי המצב הבסיסי הדרוש להתנעת התהליך ע"י קבוצות הגרילה, הוא מצב של אי אמון בקרב ההמונים. כלומר, באיזור הנהנה מיציבות דמוקרטית קטן הסיכוי להיווצרות מוקד מהפכני, החייב להתבסס על העדר אמון בפתרון הבעיות הפוליטיות והסוציאליות בדרכי שלום.   
משמעותה של התיאוריה של צ'ה הייתה אדירה: אם דרוש רק קומץ אנשים כדי להוות "מוקד מהפכני", הרי שבכל מקום באמריקה הלטינית יכולה להיווצר מהפכה ! המציאות אותה הכיר הצביעה על קיום ה"תנאים האובייקטיביים" הדרושים: עוני, פיגור כלכלי מול התעשרות האליטה, ניצול הכלכלה על ידי אינטרסים זרים  וממשלות שאינן מייצגות את ההמונים. 
היה זה בקיץ 1958, עת יצאו צ'ה וגדודו לכיוון מרכז קובה. ראוי לציין כי שלטונו של בטיסטה ספג אבדות כבדות גם מידי כנופיות עירוניות, שלא היו מאנשי קסטרו. בדצמבר 1958 כבשו צ'ה ואנשיו את העיר סנטה קלרה, ובטיסטה גלה ונעלם מעל במת ההיסטוריה. ב-2 לינואר 1959 נכנס גווארה עם פידל, ראול ו'Barbudos' ('מזוקנים', כפי שנקראו כמה מאנשי החבורה), נוספים להוואנה. קסטרו, שתפש את השלטון, העניק לצ'ה אזרחות קובנית ומקום של כבוד לצידו בצמרת המנהיגות של המשטר החדש. אמון רב שרר בין קסטרו, שהבטיח לעם חופש ושוויון, וצ'ה, והשניים נהגו לקיים שיחות ממושכות. קשה להפריד בין תרומתו של קסטרו ותרומתו של גווארה למהפכה, במיוחד בהתחשב בעובדה כי מרבית הדיונים הפנימיים בהנהגת המהפכה לא היו פומביים. 
השלטון החדש התקבל בהתלהבות רבה על ידי המוני העם הקובני, שנפשם נקעה ממשטר העריצות הרודני. עידן חדש החל: התהליך המהפכני, שהחל במאבק למיגור עריצות, התפתח למערכה על קיום המדינה הסוציאליסטית הראשונה ביבשת אמריקה. עם עלייתו לשלטון קרא קסטרו לחלוקת הקרקעות והמטעים, להלאמת שירות התחבורה ולהחרמת רכוש הזרים. עם זאת, לפידל ולשאר אנשי תנועת ה-26 ביולי לא היתה אידאולוגיה מהפכנית מרחיקת לכת או תכנית ערוכה מראש. מרביתם היו צעירים רדיקלים שהושפעו מאידאולוגיות סוציאליסטיות והיו חסרי כל גיבוש מבחינת השקפת העולם. לצ'ה נודעה השפעה רבה על מרבית ההחלטות שהובילו להקצנת המהפכה, ולהוצאתם להורג של תומכי בטיסטה. המפלגות הפוליטיות הוצאו מחוץ לחוק, והעיתון 'רבולוסיון' (מהפכה) הסביר (7.1.1959): "אנשים ראויים, המשתייכים למפלגות מוגדרות, כבר קיבלו תפקידים בממשל הזמני. אחרים ייטיבו לעשות אם יידומו". קסטרו הכריז: "הצדק המהפכני מושתת לא על תפיסות משפטיות, אלא על שכנוע מוסרי", והביא לקץ שלטון החוק בקובה. 
מיום תפישת השלטון שימש גווארה בתפקידים שונים בממשל המהפכני: הוא עסק בהקמת שירות הביטחון הקובני, הוביל את הרפורמות הכלכליות ועמד בראש המכון הלאומי שביצע את הרפורמה האגררית.  בנובמבר 1959 התמנה גווארה לנשיא הבנק הקובני הלאומי, וביצע את התפקיד בהצלחה מרובה, למרות היעדר כל הכשרה מקצועית. הוא זירז את ניתוק הקשרים הכלכליים עם ארה"ב ואת טוויית הקשרים עם ברה"מ, ונערך לייבוא כל הדרוש ממדינות אחרות, בעיקר בגוש המזרחי. מאוחר יותר לקח לידיו את משרד התעשייה, ועמד בראשו עד היעלמו ב- 1965. גווארה יצא לאירופה, לאסיה ולאפריקה, חתם על הסכמי סחר וקידם את האינטרסים הקובנים. הוא היה מהיוזמים הראשונים למגע ישיר עם ברה"מ ועמד במרכז המו"מ על העסקה המסחרית הראשונה שנחתמה עם שר החוץ הסובייטי מיקויאן. בהשראתו וביזמתו החלו לתכנן תכניות יומרניות להקמת תעשייה ענפה שתבטל את המבנה הכלכלי המעוות, פרי מורשת המשטר הישן, ותתאים את הכלכלה הקובנית לרוח המהפכה הסוציאליסטית. צ'ה ראה את יסודות הכלכלה הקובנית החדשה בתעשייה כבדה, בספנות מפותחת, במפעלי אלקטרוניקה ובתעשייה כימית. 
במהלך פעילותו הנמרצת בקובה ומחוצה לה, התגרש צ'ה מאשתו הראשונה ונשא אישה שנייה, שאיתה הביא לעולם ארבעה ילדים. אבל גם משפחתו לא היוותה בעיניו שיקול, כשהחליט לקום בוקר בהיר אחד ופשוט להמשיך הלאה. עם שובו מסיור בכמה מדינות, נועד צ'ה ביחידות עם קסטרו, וזמן קצר לאחר מכן נעלם מבלי שהשאיר אחריו עקבות. רק חודשים אח"כ התבררו הפרטים, כשמכתב אישי שכתב צ'ה לפידל הוקרא בעצרת פומבית. היה זה מכתב אישי ורגשני, שממנו עלתה דמותו של "האדם החדש". זהו מושג שטבע צ'ה, שדגל בגרילה לא רק כאמצעי להשגת מהפיכה חברתית ושלטון קומוניסטי, אלא גם כאמצעי המעשיר את מידותיו האנושיות של המהפכן. "האדם החדש" של צ'ה ניחן בגישה הרואית לחיים והוא אינו פועל בכוח תמריצים חומריים, אלא מתוך מחויבות מוחלטת ואהבה לחברה. "האדם החדש" הוא העתיד לגאול את האנושות מהאינדיווידואליזם האגואיסטי, הניצול והניכור של הקפיטליזם. 
"צר לי על כי השלמתי את חלקי בחובה שקשרתני למהפכה הקובנית בארצה ואני נפרד בזה ממך, מהחברים ומעמך, שהינו מעתה גם עמי", כתב צ'ה, התפטר מתפקידיו בממשל הקובני, ויתר על כל זכויותיו וחובותיו כאזרח ויצא לדרכו. "אין שום דבר רשמי הקושר אותי לקובה, זולת קשרים מסוג אחר, אותם אין לנתק. ... ארצות אחרות בעולם זקוקות למאמצי הצנועים. אני יכול לעשות את אשר נבצר ממך, בגלל אחריותך להנהגתה של קובה. הגיעה השעה שניפרד. בשטחי המערכה החדשים אשא את האמונה שהחדרת בי ואגשים את היקרה בכול החובות - להילחם באימפריאליזם בכל אתר ואתר". צ'ה הותיר את משפחתו מאחור, בידיעה כי פידל וקובה ימשיכו לדאוג להם, ויצא לקונגו במטרה לסייע למורדים המקומיים כנגד הממשלה. לאחר הניסיון הכושל, שב צ'ה לקובה ולאחר כשנה (בנובמבר 1966) נפרד מפידל ומחבריו ויצא לבוליביה.  
קריאותיו של צ'ה ל"שתיים, שלוש, הרבה וייטנאם" הרגיזו את האמריקאים, ובמהרה הגיעו לבוליביה יועצים צבאיים. כוחות הצבא הבוליביאנים כיתרו את כוחות המורדים ביערות, וב- 8 באוקטובר 1967 הצליחו לתפוש את צ'ה. לאחר התייעצות עם מפקדי צבא אמריקאים ובוליביאנים, נורה צ'ה למוות על ידי סמל בוליביאני, ונקבר במקום סתר. כאן החל השלב השני, המרתק לא פחות, של הפיכתו למיתוס בין לאומי. החוקרים Loveman ו- Davies מאוניברסיטת לינקולן טוענים כי מדיניות החוץ של ארה"ב באמריקה הלטינית התרכזה ב"הבסת האיום, המורשת, והאגדה של ארנסטו צ'ה גווארה, המארטיר החשוב ביותר של המאבק המהפכני ביבשת במאה ה- 20".  
במדינות רבות בעולם נערכו הפגנות נגד רציחתו של צ'ה, וגם חוגים שלא הזדהו עם האידיאולוגיה שלו הביעו הערכה רבה לאישיותו ולרוח ההקרבה שפיעמה בו. כתב ה'גארדיין' הבריטי קבע בדיווחו מזירת האירוע כי צ'ה עתיד להיכנס להיסטוריה כדמות הבולטת ביותר בתולדות אמריקה הלטינית מאז המשחרר הגדול של תחילת המאה ה-20, סימון בוליבר, וכי "אגדות ייטוו סביב שמו". הוא צדק, ללא כל צל של ספק. לאחר מותו של גווארה התכנסו כמיליון תושבים לטקס אשכבה, בו דיבר עליו פידל כאדם שהקדים את זמנו, ושדרך חייו, מחשבתו ומעשיו היו ללא רבב. סמל המהפכנות הפך בן לילה למיתולוגי, ודעותיו ופעילותו למען החלשים היו למושא הערצה בקרב בני דור המחאה של שנות ה- 60.  מפגינים בכל העולם, ובעיקר סטודנטים, קראו: "שתים, שלוש, הרבה וייטנאם".
לקראת סוף שנות ה-70, עם חיסולן של רוב תנועות הגרילה באמריקה הלטינית ע"י המשטרים הצבאיים, חלה דעיכה מסוימת ב'תרבות הנגד'. גם נוכחותו של הלוחם המזוקן בכומתה השחורה פחתה, אך ב- 1997 הוא חזר, ובגדול. קברו של צ'ה התגלה בבוליביה, ועצמותיו הועלו לקובה ונטמנו בטקס ממלכתי רב רושם בסנטה קלרה, בסמוך לאנדרטה שהוקמה שם עוד קודם לכן. 
המהלך ברחובות הוואנה יתקל לא אחת בגבר קובני מזוקן, שלראשו כומתה שחורה, עומד בקרן רחוב ומבקש דולר מתיירים מזדמנים, המבקשים לצלמו. ארנסטו גווארה עדיין כאן. בקובה, כמו גם במקומות רבים אחרים בעולם. רוחו מפעמת בליבותיהם של רבים הרואים בו מופת של הקרבה למען החלשים ותרומה לחברה. 
לשאלה מתי ייערכו הבחירות הכלליות שהובטחו מיד עם תפישת השלטון ב- 1959, ענה פידל קסטרו: "כאשר תושלם הרפורמה בחקלאות, כאשר כל הילדים ילמדו חינם בבתי הספר ויידעו קרוא וכתוב, וכאשר לכול תהיה גישה חופשית לתרופות ולרופאים". במבט לאחור, ברור למדי כי פידל לא עמד במילתו, וכי לצ'ה חלק מכובד בשינויים העצומים שעברו על החברה הקובנית, הגם שהבחירות מבוששות להגיע.