עולם הטבע באיי גלפגוס הוא ייחודי, מגוון ומרתק. גם בסיור קצר בן כמה ימים בינות לאיים, יוכל המבקר לצפות במגוון גדול של מיני ציפורים, בזוחלים שונים, בחרקים וביונקים ימיים. כמובן שהמינים הייחודיים לאיים הם האטרקטיבים ביותר, ועליהם נמנים בעיקר צבי היבשה השונים ושני מיני איגואנות, אך גם מינים הקיימים במקומות אחרים בעולם, זוכים כאן להתעניינות רבה, אולי בשל ההזדמנות לצפות בהם ממרחק נגיעה. 
להלן תקציר לגבי כמה מהמינים הנפוצים ביותר:
אוכלוסיית צבי הענק (או בשמם המדעי צבים פיליים) היא שריד לאוכלוסייה שמנתה עד גילוי האיים מאות אלפי פרטים. כיום מונה אוכלוסייתם רק כ– 12,000 פרטים, ואלה משתייכים לעשרה מינים שונים, מחציתם בסכנת הכחדה. עם מותו של ג'ורג' הגלמוד ביוני 2012 נותרו רק תשעה מיני צבים. ג'ורג' הגלמוד היה הפרט היחיד ממינו והוא נמצא באי פינטה ב- 1972. הוא הלך לעולמו הרבה שנים קודם למה שציפו המדענים. הזכרים גדולים יותר (אורך עד 120 ס"מ ומשקל עד 250 ק"ג) ובעלי זנב ארוך. ההזדווגות נערכת בין ינואר ליוני, ואח"כ מוטלות 2-20 ביצים בגודל כדור טניס. הביצים מודגרות עצמאית במשך 4-8 חודשים, ובין נובמבר לאפריל בוקעים צאצאים במשקל כ– 200 גרם. הצבים זקוקים למי שתיה והולכים לשם כך כמה קילומטרים מדי יום למעיינות הנמצאים לרוב במרכז האיים הגדולים ובגובה רב יחסית. הנתיבים שהשאירו אחריהם סייעו לספרדים לגלות את מקורות המים. בעבר שימשו הצבים כקופסאות שימורים חיות ועקב כך נתפשו מאות אלפים מהם ונאכלו. ההרג נמשך עד שנות ה– 30 של המאה הנוכחית והתושבים השתמשו בעיקר בבשר ובשומן. בעשורים האחרונים נעשים מאמצים רבים לאושש את האוכלוסיות בטבע, ועד כה שוחררו מחוות הגידול למעלה מ- 2000 צבים. 
הצבים צמחוניים ויכולים לצום זמן רב. אורך חייהם המוערך כ – 150 שנה. (צב ענק מסוג אחר הוענק ע"י מלך טונגה לקפטן ג'יימס קוק ב – 22.10.1773. הצב מת בלונדון ב – 1966 !).
איגואנות ימיות הן הלטאות היחידות בעולם הניזונות וחיות בים. למרות מראן, הן אינן שריד פרה-היסטורי, שהרי גילם הגיאולוגי של האיים רק 3-5 מיליון שנה. הזכרים מתרחקים עד מאות מטרים מהחוף וצוללים לעומק 10-12 מטרים ! בד"כ שוהות מתחת למים 5-10 דקות אך עם התקררות גופן בכ- 10 מעלות, נאלצות לצאת להתחמם בשמש על היבשה. עם הגעת טמפרטורת הגוף ל– 35 מעלות נכנסות שוב לים וניזונות מאצות אדומיות או ירוקיות. האיגואנות נוהגות להפריש עודפי מלח מבלוטה מיוחדת הקשורה לנחיריים. מספרן מוערך כיום בכ– 200,000 אך למרות זאת מאיימות על חייהן סכנות חמורות שמקורן בבני האדם, כגון חתולים הטורפים צעירים וביצים.
איגואנות יבשה הן לטאות צמחוניות הניזונות בעיקר מקקטוסים, המספקים להן גם את תצרוכת המים הנדרשת. לרוב נעות באיטיות, אך במקרה הצורך מסוגלות לנוע במהירות רבה. הצעירים מגוונים את מזונם גם בחרקים. הבוגרות מגיעות לאורך 120 ס"מ ולמשקל 10-12 ק"ג. קיימים שני מינים: איגואנת יבשה חיוורת ואיגואנת יבשה מצוייצת. לבגרות מגיעות האיגואנות בגיל 8-12 שנים. הנקבה מטילה 2-25 ביצים בבור בעומק כחצי מטר. הצאצאים בוקעים לאחר 3-4 חודשים, ויאריכו ימים עד 60 שנה. מאות איגואנות שוחררו לטבע משנת 1980, במסגרת מאמצי השימור. 
פריגטה: ציפור גדולה הנקראת גם 'הפיראטית של גלפגוס' בשל מנהגה לגזול דגים מבעלי חיים ומציפורים אחרות. מוטת הכנפיים 230 ס"מ, אולם המשקל בסה"כ 1.4 ק"ג ! עומס הכנף נמוך ביותר וכושר התעופה יוצא מן הכלל. לא נוהגות להתרחק מהחופים ולכן נחשבות בקרב הימאים כ'מבשרות יבשה'. הקינון על עצים ושיחים, הרבייה לעתים רק פעם בשנתיים. הזכר מפורסם בשל שק האוויר האדום הגדול שהוא מנפח על צווארו כדי למשוך את הנקבות. 
ציפור טרופית אדומת מקור: ציפור לבנה קטנה, בעלת זנב ארוך הנקראת גם פטון – ע"ש בנו של אפולו, אל השמש, שנפל מהשמש לים – עקב מנהגה 'לצנוח' לצייד בים, לעתים מגובה של 16 מטר ! צדה למחייתה דגים ודיונונים. אינה אנדמית לאיים. מקננת בנקיקי לבה.
אלבטרוס גלי: עוף ימי אדיר מימדים השם שמוטת כנפיו עד 3 מטר ומשקלו כ– 9 ק"ג. מקור השם בצורת נוצותיו הגליות. עונת החיזור מתחליה באפריל, אז מגיעים כ- 20,000 זוגות מקננים אך ורק לאי אספניולה. בני הזוג נאמנים זה לזו כל החיים. הבוגרים מייצרים בחלק מיוחד בקיבתם שמן דגים מיוחד עבור הגוזלים. 
סולה כחולת רגל: עוף ימי בינוני, המקנן בהמוניו באיי גלפגוס. ההדגרה נעשית על קרומי השחייה העשירים בנימי דם ולכן פולטים חום. האפרוח מפוטם עד שעובר את משקל הוריו כ'צידה לדרך'. אזור הצייד מתחלק בין מין זה, הצד בקרבת החוף, לבין שני קרוביו: סולת המסכה הצדה בין האיים, והסולה אדומת הרגל, הצדה בים הפתוח.
אריה ים: יונק מסדרת הטורפים הימיים. לזכר (בעל גבנון על המצח ומשקל עד 250 ק"ג) חזקה על כברת חוף עם כ– 30 נקבות וצאצאים. לצורך תפישת החזקה מתנהלים קרבות קשים ומתישים, ובד"כ אין זכר מחזיק מעמד יותר מ– 3 חודשים. לאריות ים אפרכסות קטנות (החסרות אצל כלבי ים), גפיים אחוריות המסייעות להליכה ביבשה וגפיים קדמיות חזקות המשמשות לשחייה. משך ההריון 9 חודשים, היניקה בד"כ 3 שנים אך נצפו גם בני 5-6 שנים יונקים !